Ш.Уәлихановтың Алтынемел мемлекеттік мемориалдық музейі 1985 жылы ғалымның туғанына 150 жыл толуына орай ашылды. Музей құндылықтары ұлы ғалымның өміріне байланысты үш бөлімге бөлініп жинақталған. Ол бөлімдер «Шоқан Уәлиханов және ол өмір сүрген уақыт», «Ш.Уәлихановтың ғылыми қызметі», «Шоқан мәңгі бізбен бірге» деп аталады. Музей экспозициясында Ш.Уәлихановтың өміріне қатысты құнды жәдігерлерлер қойылған. Олардың арасында ғалымның Орталық Қазақстан, Жетісу, Тарбағатай өлкелеріне жасаған саяхаттарының карталары, салған суреттері орын алған. Музей қор бөлімі мен лекция залдарынан тұрады. Экспозиция залдарының көлемі 454 шаршы метр жерді алып жатыр. Музей экспозициясы мен қорында Мемлекеттік Эрмитаж, этнография музейінен берілген қазақ халқының дәстүрлі мәдениеті мен тұрмысына қатысты заттар, құрал-жабдықтар коллекциясы бар. Қазақстанның мемлекеттік Орталық музейі, Пушкин атындағы кітапхана мұражайы музейге көптеген заттар мен кітаптарды сыйға тартты. Музей экспозициясындағы материалдар Ш.Уәлихановтың өмірі мен қызметіне байланысты тақырыптық жүйелеуге қарай бес бөлімді құрады. Бұл бөлімдерде Ш.Уәлихановтың қайраткер ретінде қалыптасуына ықпал еткен сол кезеңдегі саяси-әлеуметтік, мәдени өмірін қамтитын материалдар, Омбы кадет корпусындағы оқу жылдары мен әскери қызметінің басталуы, алдыңғы қатарлы көзқарастағы орыс интеллигенциясымен танысуы туралы құжаттар, Орта Азия, Оңтүстік Сібір, Қазақстан тарихын, этнографиясы мен географиясын зерттеудегі із қалдырған ғалымның ғылыми мұрасы тұрғысындағы, Петербург кезеңіндегі материалдар деп бөлінген үш бөлім қамтылған. Музей экспозициясында Шоқанның өзі тұтынған заттары да қойылған. Ғалымның өзі жасаған карталары, схемалары, қолжазбалары, экспедиция мен саяхатта салған суреттері, халық қолөнер туындыларының жинақтары қойылған. Экспонаттар ішінде ұлттық музыка аспаптары, Шоқанның жеке коллекциясынан қалған қырғыз, ұйғыр, қытай халықтарының ұлттық киімдері, зергерлік бұйымдар, минералдар бар. Шоқан жинаған қобыз, домбыра, сыбызғы да музейдің құнды жәдігерлері болып табылады. Ш.Уәлиханов мұражайына келіп, ғалымның өмірімен жан-жақты танысуға келген халықтың легі толастамайды.