Моғолстанның Сонымен, Әмір Темір шабуылдары әбден титығына жеткен Моғол хандығы мүлде әлсірейді. Хандық бірнеше иеліктерге бөлініп, саяси жағынан бөлшектенеді. Қызыр-Қожа хан Темірге өзінің тәуелділігін мойындайды. Моғолстан Әмір Темір қаза болғаннан кейін (1405 жылы) ғана Қызыр-Қожаның мұрагері Мұхаммед ханның кезінде (1408-1416) тәуелсіздікке қол жеткізе бастайды. Моғол ханы Темір өлгеннен кейін оның әулетінің ішіндегі талас-тартысты пайдаланып қалады. Мұхаммед хан Темірдің немерелері Ахмед мырза мен Ұлықбектің арасындағы Ферғана үшін таласта ол өзінің әскер күшімен ахмед мырзаға көмектесіп, жеңіске жеткен еді. Осы кезден бастап Моғолстан өз тәуелсіздігін ала бастаған. Мұхаммед хан қаза болған соң, Моғол хандығының ішіндегі талас-тартыс қайта басталады. Бұл талас-тартысты Темірдің немересі Ұлықбек пайдаланып, өзін жақтаушы Қызыр-Қожаның немересі Шер-Мұхаммедтің хан болуын қолдайды. Оның хан тағына отыруына көмектескен Ұлықбек енді одан өзіне тәуелді болуын талап етеді. Бұған қарсы болған Моғол шонжарлары Қызыр-Қожаның екінші бір немересі Уәйісті хан тағына отырғызады. Бұған наразы болған Ұлықбек 1425 жылы Моғолстанға шапқыншылық жасап, халықты талан-таражға ұшыратып қайтады.
Моғолстандағы жағдай 1428 жылы Уәйіс хан қайтыс болғаннан кейін де сол баяғы бытыраңқы күйінде қалады. Хандық билік үшін талас енді Уәйіс ханның балалары Жүніс пен есен-бұға арасында басталады. Таластың нәтижесінде дулат әмірлерінің қолдауымен есен-бұға 1433-1462 жылдары хан тағына отырады. Бірақ Жүніс хандық өкімет үшін таласын тоқтатпайды. Ол Темір әулеті әбу Саидтан көмек сұрайды. Тартыс 1462 жылы Есен-бұғаның қаза болуымен аяқталады. Ферғана жерінде – Жетікентте билік құрып отырған Жүніс дереу Моғолстанға оралып, өзін хан етіп жариялайды. Моғолстан хандығы Жүніс ханның немересі Абдар-рашид ханның кезінде ыдырай бастайды. Оның Жетісу аймағы Қазақ хандығының құрамына енеді.