Саяси тұрақсыздық орын алған күрделі кезенде билік басына келген Тоғылық-Темір хан елдің ішкі-сыртқы жағдайын жақсартып, XVI ғасырдың басына дейін билік еткен әулеттің негізін қалады. Хандықтың бүкіл аумағын біріктіріп, бір орталыққа бағындырады. Мемлекеттің орталығы Алмалық қаласы болады.
Хан өзінің билігін бұрынғы қалыптасқан жүйемен жүргізеді. Оны ұлыстық басқару жүйесін сақтауынан көруге болады. Дулат тайпасының мұралық лауазымы жоғары ұлысбегі деген атағын сол қалпында қалдырады. Салық жинауда кейбір жаңа шаралар қолданылады. Мұсылман дінін мемлекеттік дін ретінде қабылдайды. Тоғылық-Темірге дейін моғол билеушілерінің ислам дініне енуі баяу жүріп келсе, енді хан бұл мәселеге ерекше көңіл бөлген. Мырза-Мұхаммед Хайдардың жазуы бойынша, бір күнде 160 мың адам ислам дінін қабылдайды. Ханның бұйрығы бойынша дінді қабылдамаған әмірлер мен бектерді өлім жазасына кескен. Сөйтіп хан ел ішінде қатал тәртіп орнатады.
Тоғылық-Темір өзінің сыртқы саясатында Шағатай ұлысының кезінде орныққан Орта Азия жеріндегі билікті қалпына келтіруге әрекет жасайды. 1360-1361 жылдары Мауараннахрға екі рет сәтті жорық жасап, баласы Ілияс-Қожаны Мауараннахрдың хан тағына отырғызып қайтады. Моғолстанға оралған Тоғылық-Темір хан қаза болады. Өзінің мұрагерлік хұқын реттеп қайту үшін Ілияс-Қожа Моғолстанға кеткен кезде Орта Азиядағы жағдай күрт өзгереді. Тоғылық-Темірдің тірі кезінде оған тәуелдікті амалсыздан мойындап жүрген әмір Темір енді Мауараннахрдағы билікті өз қолына алу үшін, Ілияс-Қожаға қарсы шығады. Әмір Темір мен Ілияс –Қожа ханның арасында бірнеше рет қақтығысулар болады. Моғол ханы жеңіліске ұшырайды. Соңғы жеңілістен кейін Ілияс-Қожа Моғолстаннан жаңа әскери күш жинап келіп, қайта соғысады. Ташкент қаласының маңында 1365 жылы 22 маусымда екі жақтың арасында шешуші “Батпақ шайқасы” болады. Жазба деректердің хабарына қарағанда, кесіліскен шайқас болғаны срншалықты, екі жақтан 10 мыңға жуық адам құрылған. Шайқаста Ілияс-Қожа хан жеңіске жетіп, Әмір Темір қашып құтылады.
Батпақты жеңісінен кейін Моғол ханы Самарқанға қарай аттанып, оны қоршауға алады. Бірақ халық қаланы жан аямай қорғайды. Қаланы ұзақ уақыт қоршаудан қалжыраған моғол әскерлерінің мініс аттары жамандат індетінен қырыла бастайды. Қаланы алудың мүмкін еместігіне көзі жеткен хан Моғолстанға қайтуға мәжбүр болған. Сөйтіп, Шағатай ұлысты кезіндегі билікті қайта қалпына келтіру ісінің алғашқы қадамы сәтсіздікпен аяқталады. Бұл сәтсіздіктің басты себебі, билеушілер арасындағы алауыздық, саяси феодалдық батыраңқылық еді. Ақыр аяғында Ілияс-Қожа хан да осы феодалдық талас-тартыстың құрбаны болады.
Бұдан кейін де Моғол хандығындағы билікті дулат тайпасының атақты әмірлері Қамар ад-дин мен оның інісі Шамс ад-диндер жүргізген. Қамар ад-дин де өзін тыңдайтын, жас Тоғылық-Темірдің соңғы ұрпағы Қызыр-Қожа оғланды хан тағына отырғызып, дулат тайпасының әмірлері мен шонжарларының жағдайын жақсартуға күш салады.