Моғолстанның құрылуы Шағатай мемлекетінің (14ғасырдағы Парсы тілді авторлардың айтуы бойынша: Мұлқ шағатай) құлауымен байланысты болып келеди. Орта Азиядаға моңғолдар құрған мемлекеттің аты Шыңғыс ханның екінші ұлы Шағатайдың есімімен аталды.
Ұлы ханға тәуелді болмаған саяси бірлік түріндегі Орта Азиялық шыңғыстықтардың мемлекеті – Хайду мемлекеті. Хайду (ол 1301 жылы өлген) билеген кезде мемлекеттің құрылымы өзінің толысу шегіне жетті. Жамал қаршының сөзіне қарағанда, Хайду әділетті, қайрымды, жұмсақ мінезді, елінің мүддесін қорғайтын білімді мұсылмандарға қамқор хан болған. Хайду өлгеннен кейін мемлекеттегі бірінші адам талантты және ширақ Тува (Дува) – шағатайлық Барақ ханның ұлы болды. В.В. Бартольдтың айтуына қарағанда, оны Шағатай мемлекетінің негізін салушы ретінде танып білу керек. Бірақ Шағатай мемлекеті көп тұрған жоқ. Өзара тартыстың әсерінен әлсіреген хандық биліктің беделінің түсуі әскери көшпелі қауымның алға шығуына себепші болды. 14 ғасырдың 40-50-шы жылдары ол он шақты иелікке бөлініп кетті. Сол кезде Шағатай мемлекетінің шығыс жақ бір бөлігін моғолдар деп атады. Сол сөз осылайша халықтың аты ретінде айтылып және жазылып қалды. Сол кезде осы атаудан географиялық парсылық моғолстан атауы пайда болды. Бұл географиялық бөлікке кейіннен Жошы ұлысының оңтүстік шағын бөлігіде еңді. Орта ғасырдағы тарихшылардың келтірген деректеріне қарағанда, 14 ғасырға таман осындағы ру-тайпалар «моғол» деп аталған. Бірақ бір кездегі «моғол» сөзі қалыптасқан халықтың аты емес, әскери-саяси одақтың аты ғана болған еді. 14 ғасырдың ортасында осы «моғол» одағы негіз болып құрылған хандық Моғолстан деп аталды. Алайда тарихи оқиғаларға байланысты Моғолстанның жер көлемі бірде кеңейіп, бірде тарылып отырды. Дулат феодалының тәуелді иелігі болған Маңғылай Сүбе өлкесі Моғолстанға кейде қосылып, кейде бөлініп кетіп отырды. Моғолстан мемлекетінің негізгі халқы түркі тілдес тайпалар – Дулат, Албан, Суан, Қаңлы, Керей, Арғын, Найман т.б.Бұлардың басым көпшілігі ежелден осы өңірді мекендеген түркі тілдес тайпалар, олардың ішінде жергілікті түркі тілдес халықтарға сіңіп түркіленіп кеткен моңғол тайпалары да болды. Шын мәнісінде Моғолстанның негізгі халқы қазіргі қазақтар еді. Моғолстанның алғашқы ханы – Тұғылық Темірдің моғолдарға ислам дінін таратып қалыптастыруға көп күш салуы оның беделін арттырды, үстемдігін нығайта түсті. Тұғылық Темір 1348 жылы 18 жасында хан тағына отырды, 22 жасында мұсылман болды. Моғолстан шекарасы мырза Хайдардың «Тарих-ир-Рашиди» атты кітабында былай баяндалады: «қазір Моғолстан деп аталатын жер аумағының ені мен ұзындығы 7-8 айға созылатын жерді көрсетеді. Моғолстаннның шығыс шеті қалмақтар жеріне кіріп жатыр, ол өзіне Барыс көл, Еміл, Ертісті қосып алады. Солтүстігінде Көкше теңізбен (Балқаш көлі), Бом және Қараталмен, батысында Түркістан және Ташкентпен, оңтүстігінде Ферғана, Қашқар, Ақсу, Шалыш жыне Турфанмен шектеседі». Яғни сол кездегі Моғолстанға оңтүстік-шығыс және Оңтүстік Қазақстан жер аумағы кірген.
Одан әрі қарай Хайдар былай жалғастырды: «Моғолстанда үлкен өзендер көп, үлкендігі Джейхунға (Амудария) ұқсайды. Олардың ішінде Іле, Еміл, Ертіс, Шұйлық және Нарын бар. Бұл өзендер сырдариядан кем түспейді. Бұл өзендердің көп бөлігі Көкше теңіз (Балқаш көліне) құяды. Ол Моғолстан мен Өзбек ұлысының ортасында бөліп тұрады». Бұл мемлекет Шағатай ұлысының бір бөлігі еді, ал еінші бөлігінде МауранаҺр өмір сүріп жатыр.
Моғолстанның құрамына Түркістан, оңтүстік-шығыс Қазақстан облыстары және Орта азияның кейбір облыстары кірді. Моғолстан орта ғасырлық авторлардың тарихи деректерінде мемлекет өзінің құрылу кезеңдеріне қарай «моғол» атты этникалық-саяси біртұтастыққа енудің ұзақ араласу және сіңісу процессінен өткен жергілікті түркі және түркілінген моңғол тайпаларының мемлекеттік саяси бірлестігі болып көрінеді. Оған кіретін тайпалар дулаттар, албандар, суандар, қайлылар, керейлер, арғындар, барластар т.б. Моғолстан ордасының орныққан орталдығы Алмалық қаласы болды. Моғолстан бұрынғы Шағатай ұлысының және Жошының оңтүстік-шығыстағы әскерлеріне толық билік жүргізді. Көксеген Тұғылық Темір Маураннаһр өлкесін. Шыңғыс әулеті Денішмендінің атынан билеп отырған, Қазағанның көзін құртуды, сол арқылы бұл өңірді Моғолстанға қосып алуды ойлады. Сөйтіп, ол 1358 жылы астыртын кісі жіберіп Қазаған әмірді өлтіртті. Бір жыл өткен соң ірі соғыстардың бірінде Қазағанның мұрагер ұлы Абдолла да қаза тапты. Осыдан кейін Маураннаһр бірнеше тәуелсіз облыстарға бөлініп кеті. Бұл жағдайды пайдаланып қалуды көздеген Тоғлық-Темір оларды бағындыруға кірісті. 1360 жылдары Тоғлық-Темір Орта Азиядағы Шағатай мемлекетін бұрынғы қалпына қайта келтіру үшін Маураннаһрға екі жорық жасап, екуін де жеңіспен аяқтап, баласы Ілияс Қожаны хан тағына отырғызып қайтады. Моғолстанға келгеннен кейін көп кешікпей Тоғлық-Темір хан қайтыс болады.
Әйгілі тарихшы Мұхаммед Хайдар Дулати «Тарихи – ир – Рашидида» Тоғлұқ –Темір хан өзі мұсылман болуымен бірге Моғолстанда ислам дінін қалыптастыруға мейлінше күш жұмсағандығын,соның нәтижесінде халықтың ислам дініне жаппай ден қойғанын баяндай келіп, Моғолстанда бір күн ішінде 160 мың адам мұсылман болды дейді. Ортағасырлық күншығыстағы идеологияның тірегі – ислам дінін қабылдау және қалыптастырудағы еңбегі оның беделін тек Моғолстанда ғана емес, тіпті моғолстандықтарды мәжуси «шаталар» деп кемсітетін мауранаһрдық мұсылмандар ішінде де аттыра түсті.
Моғолстандағы ішкі феодолдық тартыс әскери-феодалдық тұрпаттағы ақсүйкектердің хандық өкіметке қарсы күресінен басталды.Дулат тайпасының белді билеушілерінің бірі – Қамариддин Дулати бұрыннан ханға қарсы болып, келген адам еді. Өзінің хан болуға құқы болмағандықтан, ол айтқанына көнетин әлі жас Шағатай әулетінен шыққан Дува ханның немересі 18 жасар Тоғлұқ –Темірді 1348 жылы Моғолстан хандығының тағына отырғызған деп көрсетеді. Хандық өкіметке қарсы күрескен Қамаридддин Дулати осы оқиғадан соң Моғолстанның беделді билеушісіне айналды. Алайда, әскери-феодалдық ақсүйектер билеген бір-бірінен шалғай жатқан көшпенді және жартылай көшпелі ұлыстар мен тайпалардың басымбіріктіру Қамариддин Дулатиға оңай түспейді.
14 ғасырдың 70-90жылдарындағы Орта Азия билеушісі Әмір Темір Моғолстанмен Ақ Ордаға қайта-қайта шапқыншылық жорықтар жасады. Әмір Темірдің Моғолстанға алғашқы жасаған жорығы 1371-1372 жылдары басталды. Бұл жорықта Әмір Темірдің әскрлері Алмалық маңына дейін келді және осы өңірдегі керей тайпасын талаң-таражға ұшыратты. Әмір Темірдің шапқыншылық жорықтары Ақ Орда мен Моғолстан халқына ауыр азап қолөнер құлдырап, мал бас кеміп кетти. Моғолстан билеушісі Қамариддин Дулати Еңге төремен біре қоса отырып, Әмір Темірдің шапқыншылығына қарсы күрес жүргізіп, Моғолстанның ерікті елдігін қорғауға елеулі үлес қосты.19 ғасырдың 80 жылдары соңында Моғолстан мен Ақ Орда билеушілерінің Әмір Темірге қарсы саяси одағы құрылды. Бұл одаққа Моғолстан билеушілері Әмір Қамариддин Дулати, Еңке төре жіне Орданың билеушісі Орыс хан мен Тоқтамыс кірді. Бұл одақ Ақ Орда мен Моғолстанның әскери күшін ортақ жауға қарсы жұмылдыру арқылы Шығыс Дешті Қыпшақ және Моғолстан халықтарын ауыр апаттан құтқарып, тәуелсіздігін сақтап қалды. Әмір Темірмен болған күрестегі сәтсіздіктер салдарынан Қамариддиннің мемлекеттік билігін әлсіреуін пайдаланған ұлыс бегі Құдайдат 1389 жылы Тұғылық Темірдің баласы Қызыр қожаны хан тағына отырғызды. (1389-1399.) Біраө хан дегн атығы ғана еді. Іс жүзінде билік Әмір Қамариддин Дулатидің қолында болды, Қамариддин қайтыс болған соң ғана Қызыр қожа хан бүкіл Моғолстанға билік жүргізіп орталық үкіметті біршама күшейтті. Қызыр қожа хан өлген соң, оның балалары; Шаки Жаһам, Мұхаммед Оғлан, Шерхалихан, Шах Жаһан хандар билеген кездердее өзара талас-тартыс қайта өршіді. Бұл тартысқа Шағатай әулетінен шыққан Шерғали оғланның баласы Уәйіс хан араласты. Уәйіс хан тегінде Қызыр қожан ханның тағы бір баласы Шермұхаммед оғлан Мауараннаһрдағы Әмір Темірдің немересі Ұлықбектің (1394-1449) әскери көмегіне сүйене отырып, Моғолстанның хан тағын қайтарп алды да 1425 жылға дейін Моғолстанды аз ғана уақытқа біріктірді. Уәйіс хан Шермұхаммед ханға қарсы бірнеше ретұрыс жүргізіп, Тараз мағында блғаншайқаста жеңілген соң Моғолстанның шығыс-оңтүстік жағына қашып кетті. Сол маңда көшіп-қонып жүріп, өз жағына күш топтап, жаңтастар жинады. Бір мезгіл Оңтүстік Шин Жандағы топ, Катек және Сары ұйғыр аталатын жерлерді мекен етип, 1422 жылы Тұрфан атырабын басып алды. Осы кездерде Әмір Темір әулетінің Қашқарды Моғолстаннан бөліп әкету әрекетіне қарсы қажырлы күрес жүргізді.
XV ғасырдың 70-жылдарында Моғолстан ұлысын басқарған Жүніс хан ( 1462 – 1487) Ташкент пен Ферғанадан бастап Ақсу мен Қашғарияға дейінгі аралықты қамтыды. Бірақ ол Жетісуға билік жургізе алмады. Ал оның баласы Сұлтан Ахмед хан 1484 жылы моғол және қырғыз шонжарларының көмегімен Жетісудың оңтүстік бөлігі мен Тянь-Шаньда дербес хандық құрды. Бірақ ол 1508 жылы Ақсуды билеп тұрған Ахмед ханның баласы Мансұр Қасым хан бастаған қазақ тайпаларының, Тянь-Шаньдағы қырғыздардың және Қашғар билеушісі Әбу-Бәкір Дулатидің (1480 – 1514ж.) қысымына шыдай алмай, Тұрфанға кетуге мәжбүр болды.
15 ғасырдың аяғы мен 16 ғасырдың басында Моғолстан бірнеше феодалдық иеліктерге ыдырап кетті. 1508 жылдан кейін Жетісу содан қайтып, Моғол хандарының билігінде болған жоқ. Қасым хан Жетісудың негізгі бөлігіндегі қазақ тайпаларына бірте-бірте өз билігін орната бастады. Моғол ханы Сұлтан Саид 1514 жылы Қашғарияда Моғолия деп аталатын жаңа мемлекет құрды.
Сұлтан Саид хан бастаған моғол шонжарлары Моғолстанның бұрынғы шекарасын қалпына келтіруге тырысып Тянь-Шяньға әлденеше рет (1517,1522,1524-1525жылдары) жорыққа аттанды, бірақ бәрі нәтижесіз аяқталды.
Жетісу мен Тянь-Шяньды бағындыру әрекеті Рашид хан тұсында да (1533-1565ж) байқалды, бірақ бәрі сәтсіздікке ұшырады. Моғолстанның ыдырауына және Жетісудағы Моғол хандары билігінің жойылуына байланысты жергілікті тайпалар мен рулар қазақ халқының негізгі құрамына енді. Осының нәтижесінде монғол шапқыншылығынан бері Жетісу мен Қазақстанның қалған бөлігіндегі халықтар арасында жасанды түрде үзілген шаруашылық, саяси және туыстық, мәдени байланыстарды қалпына келтіруге мүмкіндік туды.