Моғол хандығын осындай саяси бытыраңқылық жайлап жатқанда Мауараннахрдағы билікті өз қолына алып, күшейген Әмір Темір енді Моғолстанды жаулауға кіріседі.
XVI ғасырдың аяғында Әмір Темір Моғолстан жеріне бас көтертпей, дүркін-дүркін жорықтар жасайды. Алғашқы жорығы 1371-1372 жылдары болған. Бұл жорықта Алмалық қаласына дейін жетеді, бірақ қалаға кірмейді. Жол бойындағы елді мекендерді тонап, халықтың мал-мүлкін талан-таражға ұшыратып, көптеген тұтқын алып қайтады. Екінші жорықта 1375*1377 жылдары оңтүстік Қазақстан арқылы жүріп, жетісудің Шарын өзеніне дейін жетеді. Моғол ұлысының басшысы Қамар ад-динмен шайқасып, оны жеңеді. Қамар ад-дин Шығыс Түркістанға, Үш Тұрфанға қарай қашып құтылады.
Әмір Темір Моғолстанға 1380-1390 жылдары да бірнеше рет жорық жасаған. Бұл жолғы жорықтың жойқындығы соншалықты, Әмір Темір өзінің балаларының қолындағы әскерлермен қосқанда 120 мың адаммен атанған.
Әмір Темір 1371-1372 жылдары Моғолстанға әскер аттандырады. Олар Моғолстанның шығыстағфы қалаларының бірі Алмалықтың жанына дейін жетіп, керейіттері талқандап, қайтып оралады. Нақ осы жылы Темірдің өзі де Моғолстанның жері Ыстықкөл өңіріндегі Сегізағашқа дейін барлаушылық жорық жасап, көптеген тұтқын алып, қыруар олжа түсіріп қайтады. Бұл жорық моғол жерінің ішкі аудандарына келешекте жасалатын жорықтардың бағдарламасы болған еді.
Әмір Темір Моғолстанға 1371 жылдан 1390 жылға дейін он шақты орет жорық жасаған. Оның алғашқылары 1371-1377 жылдары Сайрам, Талас арқылы жүрген. Жетісудің ішкі аудандарына өтіп, Іле өзеніне дейін жеткен. Әмір Темір 1376 жылы көктемде моғолстанның атақты колбасшысы Қамар ад-динді талқандау үшін 30 мың адамдық әскер аттандырады. Оны кыпшақ әмір Сасы-Бұға басқарған. Алайда Сасы-Бұға басқа әмірлермен астыртып келіседі де, Әмір Темірдің Хорезмге кеткенін пайдаланып, оған қарсы бүлік шығарады. Сасы-Бұға Ақ Орданың ханы Ұрұс пен Моғолстанның билеушісі Қамар ад-диннен көмек сұрайды. Бұл хабарды естіген Әмір Темір Мауараннахрға тез оралып, Қамар ад-динді Атбасы маңында (Қырғыз жері) қуып жетіп, талқандайды. Бұдан кейін де моғол әмірінің темірге қарсы күресінен ешбір нәтиже шықпаған. Ол 1377 жылы қаратау етегінде және Ыстықкөлге баратын жолдағы Бұғым шатқалында екі рет Әмір темір әскерлерінен күйрей жеңілген.
Ақ Орда мен Моғолстан билеушілері өздерінің Әмір Темірге жеке-дара қарсы тұра алмайтындарын біліп, 1380 жылдың аяғында одақ құруға әрекет жасайды. Алайда бұл одақтан да еш нәтиже шықпаған. Өйткені одақтың құрылып жатқанын білген Әмір Темір 1384-1391 жылдардың аралығында алтын Ордаға және моғол жеріне бірнеше рет жорықтар жасаған. Моғолстанды біржолата қаратып алу үшін оның түкпір-түкпіріне 120 мың әскер аттандырады. Осы жорықтарды Темір әскерлері көп олжа түсіріп, қора-қора қой, үйір-үйір жылқы, топ-тобымен қолға түскен тұтқындарды мауараннахрға жіберіп отырған. 1390 жылдардағы жорықтардан кейін Моғолстан Темірге толық тәуелдікке түсті.