25 сәуірдің 2005 ж. ҚР үкіметінің №387 қаулы бойынша 2005-2015 жж. Ұлттық инновациялық жүйесінің құрылуы мен даму стратегиясы бекітілді. Бағдарлама мақсаты – Отандық өндіру негізінде, сонымен қатар шетелдік ғылыми потенциалды және технологиялардың қолдануы арқылы бәсеке қабілеттілігі мол ақырғы өнімді шығаратын инновациялық жүйенің ашық түрін қалыптастыру.
Мақсаты: инновациялық кәсіпкерлік ортаға дем беріп, дамыту; көп сатылы инновациялық инфражүйесіне дем беріп, дамыту; ұлттық инновациялық жүйе элементтерінің аралығын нәтижелі әрекеттестікпен қамтамасыз етуі: нормативті заң базасын толық жетілдіру.
Бағдарламаның жүзеге асуы 4 кезеңнен өтеді.
Бірінші кезең: 2005- 2007 жж.- мемлекеттің белсенді қатысуымен НИС-тің қалыптасуы: ғылыми потенциалдың дамуы, ғылыми – технологиялық дамулардың приоритеттерін анықтау; инновациялық кәсіпкерліктің дамуы- ортаның, инновациялық жобалардың жүйелік түрінде орындалуы; инновациялық инфражүйенің негізгі элементтерінің жасауы мен дамуы; мемлекеттік қорлардың талап ететін концентрациялары.
Екінші кезең 2008 – 2010 жж.– әрекеттестік механизмдерінің толық жетілдіруі және ҰИЖ элементтерінің жұмыс жасаулары: ҰИЖ ұйымдасқан элементтерінің әрекеттестік сапасының жоғарлауы; шетелдік инвесторлардың венчурлық қорлары арқылы, венчурлық механизмдердің қаржыландыруы, белсенді дамуы; бірінші кезеңде қалыптасқан жоба айналасындағы кооперация кластерінің дамуы; дүниежүзілік компаниялардың аймақтық және глобальды технологиялық одақтардың құру жобасында ҰИЖ субъектілерінің қатысуы.
Үшінші кезең 2011 – 2013 жж. – ҰИЖ- тің тұрақты дамуы, мемлекеттік шығындардың үлесі азаюымен және жеке инвестициялардың өсуі: ынталандыру үшін айрықша жанама аспабының қолдануы.
Төртінші кезең 2014- 2015 ж.ж.- мемлекеттің венчурлық қорлардан және инновациялық жобалардан «шығуы».
Бағдарламаның жүзеге асыру нәтижесінде: ЖТӨ- да ғылыми және ғылыми – инновациялық қызметтің салыстырмалы салмағының артуы 2005 ж.бастап — 0,8% , 2015 ж. 1,7%. шетел инвестициялары Қазақстан инновациясына және ғылыми зерттеу қызметіне 2015 ж. 15–20- ға дейін тура артады; ҒЗАКРмен қолданбалы қаражаттық қаржыландыруды жүйелі түрде ықшамдау; Қазақстан Республикасының инновациялық қызметінің бірыңғай ақпараттық базасы кіретін нәтижелі инновациялық инфражүйесін құру; ұлттық технологиялық бақтар мен аймақтардың құрылуы: ақпараттық технологиялардың бақтары; биотехнологиялық бақтар; өнеркәсіпті- мұнайхимиялық бағыты; жаңа материалдың бақтары; ядролық технологиялардың бақтары; агроөнеркәсіптік технологиялардың бақтары мен экономика саласына қажетті бақтар.
Бірінші кезеңде 7 аймақтық технопаркін; технопарктің жанында 12 университет, технопарка және 8 оқулық орталықтардың ұйымы; Отандық және шетелдік капиталдың қатысумен қаржыландырудың венчурлық жүйесін құру; венчурлық қорлардың және жас технологиялық компанияларының (IPO нарығы) құнды қағаздар нарығын жасау; инновациялық менеджменттің деңгейін жоғарылату; инновациялық даму саясатымен сәйкес өткізілетін заңдардың жетілдірулері.
Осы аталып кеткен инновациялық инфрақұрылымның элементтерінің қызмет ету бағыттары – жаңа технологияларды өңдеу, техникалық құжаттарды көбейтіп-тарату, жаңа өнімді тәжірибелік жығару