1905 ж. Әлихан Бөкейханов Семей облысы қазақтарының атынан 1-ші Мемлекеттік думаға депутат болып сайланды. Бірақ ол 1-ші Мемлекеттік дума жұмысына қатыса алмады. Өйткені Ә.Н. Бөкейханов өз жұмысын бастаған кезде Дала өлкесі генерал — губернаторының негізсіз жарлығымен, соттың тергеуінсіз, 3 ай Павлодар абақтысында отырды. Ал абақтыдан шығып Санкт-Петерборға жеткенде, Дума патшаның үкімімен таратылып, оның біраз мүшелері наразылық актісін қабылдау үшін сол кезднгі Финляндияның Выборг қаласына жүріп кеткен еді. Ә.Н. Бөкейханов да солардың артынан аттанып Выборг үндеуіне қол қойды. Сол үшін жазаға тартылып, Санкт-Петербор сот палатасының төтенше мәжілісінің шешімімен 3 айға Семей түрмесіне жабылды.1906 жылы Омбыдан шығатын кадеттік «Голос степи», «Омич» және «Иртыш» газеттерінде, 1908 жылы Санкт-Петерборда жарық көрген меньшевиктік «Товарищ», кадеттік «Речь», «Слово» гәзеттерінде редакторлық қызмет атқарды.1909-17 жж. «Дон егіншілік банкі» бөлімшесінде жұмыс істеді. 1911-14 «Қазақ» газетін ұйымдастыруда және оның жалпы ұлттық деңгейге көтерілуіне зор еңбек сіңірді.
XX ғ. басында қазақ даласында екі ағымның болғаны белгілі. Бірі Бұқар мен Түркістан өлкесіне бет бұрған дәстүршіл, панисламшыл ағым, екіншісі негізінен Батыс өркениетін үлгі тұтқан жаңашыл, пантүркішіл ағым. Осы екінші ағымның басында Әлихан бастаған орыс мектептерінен тәлім тәрбие алған озық ойлы қазақ зиялылары тұрады. Бұл топ саяси ұстамдылық танытып, Ресей империясына қарсы ашық күреске шығудың әлі ерте екенін анық түсінеді. Сондықтан олар, ең алдымен, халықтың сана сезімін оятатын жағдай жасау керек деп білді. Бар күш қуаттарын осы мақсатқа жұмылдырады. Бірақ олардың ойдағыдай жұмыс істеуіне жандармерия басқармасының жансыздары мүмкіндік бермейді. Солардың көрсетуімен қуғынға түседі, түрмеге қамалады. Бұдан студент кезінде-ақ сенімсіздердің қара тізіміне ілігіп, бақылауда жүрген Әлихан да тыс қалған жоқ, алдымен, Семей түрмесіне қамалып, кейін Самар қаласына жер аударылып, онда тек ғылыми-шығармашылық қызметпен айналысуға ғана мәжбүр болды.