1990 – 97 ж. елде көмір өндіру көлемі 44,6%-ға құлдырады.Нарықтық экономикаға көшудің өтпелі кезеңіндегі қайта құру барысында көмір өнеркәсібі саласындағы мұндай дағдарыстың өзіндік объективті себептері болды:
- отын-энергетика кешенінің (ОЭК) жұмыс істеудегі мақсаты өзгерді. Бұрын сандық көрсеткіштер көмір кәсіпорындарының әрқашан басты сипаттамалары болып есептелді, өйткені көмір стратегиялық шикізат қоры болып саналатын еді. Өнімнің сапасына назар аударылмады. Көптеген жылдар бойына бұрын іске қосылған шахталарды сақтай отырып, жаңа шахталар кең ауқымда салынып келді;
- ОЭК жаппай мемлекеттік меншіктен (олардың қорларын, мүлкін, өнімін қоса) меншіктің түрлі нысандары мен қатынастарына (жекеше, ұжымдық, мемлекеттік, аралас) көшіріле бастады. Нарықтық экономика талаптарына орай, көмір өндіретін кәсіпорындардың санын қысқарта отырып, басқару қайта ұйымдастырылды, көптеген тиімсіз, залалды шахталар жабылды;
- кәсіпорындар мен саланың қысқа және орта мерзімді саясатын әзірлеу кезінде сұраным мен оның ауытқуы негізгі нысанға айналды, яғни өндіріс көлемін анықтау үшін төлеуге қабілетті сұранымның ықпалы күшейді;
- ОЭК өнімінің сапасы, оның экологияға тигізетін әсері бірінші орынға қойыла бастады;
- саланы мемлекет тарапынан қаржыландырудың тоқтатылуына, төлемнің төленбеу дағдарысына байланысты салаға жекеше және сыртқы инвестициялар тартуда қиындықтар туды;
- энергетикалық саясатта және тиісінше елдің отын-энергетикалық балансының құрылымында да өзгерістер болды, көмірдің бұрынғысынша отын-энергетикалық баланста жетекші орын алатынына және оның экономикада стратегиялық маңызы зор екеніне қарамастан, экономиканы дамытудың жаңа басым бағыттарын белгілеуде және экспортқа бағдарланған салаларды басым дамытуда көмір өнеркәсібіне жете назар аударылмады.Саланың жағдайы 1999 жылдың 2-жартысынан бастап жақсара бастады.
Көмір өндіру көлемінің өсу қарқыны 1999 жылмен (58,2 млн. т) салыстырғанда 2000 ж. (74,8 млн. т-дай) 28,5%-ға өсті. 1995 – 2000 ж. кезеңінде Қарағанды көмір алабында көмірді ашық және жерасты тәсілдерімен өндірудің арақатынасы айтарлықтай өзгерді. Бұл кезеңде Екібастұз көмір алабының рөлі артты. Қазір республикада өндірілген көмірдің жалпы көлемінің үштен екі бөлігін Екібастұз кеншілері өндіруде. Нарықтық экономика жағдайында “Богатырь Аксес Көмір” Қазақстан-Американ компаниясы құрылып, “Богатырь” кенжармасы соның қарамағына берілді. Екібастұз көмір алабының елдің отын-энергетика балансындағы рөлі арта түсті, осыны ескере отырып, Үкімет “Екібастұз көмірі” бағдарламасын бекітті, ал, Энергетика және минералдық қорлар минералдық “Екібастұз тас көмір алабын игерудің кешенді жобасын” әзірледі. Бұл бағдарламалық құжаттар жер қойнауының ұтымды пайдаланылуын қамтамасыз етуге, көмір өндіру көлемін Қазақстан тұтынушылары мен экспорттың қажеттері деңгейіне дейін жеткізуге, өткізу рыноктарын сақтауға бағытталған.
2001 ж. көмір экспортының жалпы көлемі 27 млн. т-дан асып түсті. Көмір өнімін шет елге шығару географиясы кеңейтілді, Қазақстан көмірін Румыния, Польша, Эстония тұтына бастады. Көмір өнеркәсібі саласының өндірістік әлуеті республиканың қазіргі кезде шет елге шығарылатын көмір көлемін 30 – 35 млн. т-ға жеткізуіне мүмкіндік береді. Соңғы жылдары Шұбаркөл, Шөптікөл және Қаражыра кеніштеріндегі сапалы көмірдің үлесін молайту есебінен өндірілетін көмірдің құрылымын жақсартуға мүмкіндік туды.