Б.А. Воронцов-Вельяминов ғылым академиясы президиумының 1941 ж. 21 қыркүйектегі тұтылу бақылауының арнайы комиссиясының ғылыми хатшысы болды. Комиссия төрағасы Василий Григорьевич жүргізген қызу дайындығында жұмыс істеді. 1939 ж. Қазақстанның оңтүстігінде өткен толық фаза трассасын зерттеу үшін арнайы экспедиция ұйымдастырылды. Бұл экспедиция Алматы, Талғар, Ыссық, Шілік, Жалаңаш, Кеген, Сарыжаз, Нарынқол, кері Пржевальск, Фрунзе, Қаскелен, Алматы маршрутын жүк машинасымен өтті. Бақылауларға сүйене, осы территорияда экспедициялар жүргізілді.
В.Г. Фесенков басқарған комиссия аппаратура дайындауда көмек көрсетті, импортты фототаспаларын экспедиция мүшелеріне таратуды ұйымдастырды. Күн тұтылуға үш жыл бұрын бақылау жоспарлары талқыланды. Василий Григорьевич фотометрлік бақылауларды ұнатқанымен, спектроскопиялық бақылаулар жүргізілу керектігін айтты. 1939 ж. мамырында комиссия 1941 ж. 21 қыркүйектегі күн тұтылуды бақылау тематикалық жоспары құрастырылды.
22 маусымда басталған соғыс ғылыми академия комиссиясының кең ауқымды жоспарларын орындауға кедергі жасады. Дегенмен Үкімет пен Академия зерттеулерді тоқтатпау бұйрығына сүйене отырып, В.Г. бақылау жұмыстары өту үшін қолдап келгенін жасады. Өзі профессор А.А. Михайлов басқарған ГАИШ экспедициясына қатысты.
Экспедиция жабдықтары Мәскеуден Алматыға соғыс басында жіберілді, ал қызметкерлері Мәскеуден тамыз айында эвакуация қатарында арнайы Ғылым Академиясының вагонында келді. Мәскеуден Алматыға Экспедиция жабдықтарын жіберген шілде түнінде неміс ұшақтары Мәскеуді алғаш бомбамен атқылау кезі еді.
Басында Мәскеу экспедициясынан барлық мүшелерін Камен платосындағы Алматы мединститутының балалар демалыс орнында орналастырды. Осыған жақын жердегі төбешікте күн тұтылуды бақылау жүргізілді. В.Г. Фесенков Күннің 8 радиус қашықтықтағы ең сыртқы корона суретін алды. Бұл суреттер күн коронасындағы жарық таралуын анықтауға көмектесті. ГАИШ экспедициясы Фесенковтың астрономия ісін Қазақстанда дамытуына бастау болды.
В.Г. Фесенков КСРО ҒА президиумында Қазақ филиалында жаңа институттың ашылуына келісті. 1941 ж. желтоқсанда ол Б.А. Воронцов-Вельяминовті Қазанға жаңа институттың статусын заңды және финансты бекітуге қажетті құжаттарды алуға жіберді.
1942 ж. АФИ-ң астрономиялық секторы Бутаковка өзеніне экспедиция ұйымдастырды, онда атмосфераның оптикалық әсерлерін (В.Г. Фесенков, Е.В. Пясковская-Фесенкова), атмосфераның спектрлі мөлдірлігін (Б.А. Воронцов-Вельяминов) зерттеу, құпиялы бағытталған сигнализацияның поляризациялық әдістерін жетілдіру (Н.Н. Парийский) жұмыстары жүргізілді.
1946 ж. Обсерватория құрылысы қызметкерлер үшін 3 финдік үйшіктер мен құралдар үшін соғылған павильондардан басталды. Кейіннен территотиясы бекітілген, администрация орны, складтар, астрономиялық бөлмелер мен жұмысшылар үйлері соғылды.