1940 ж. ШМАИ (ГАИШ) Алматыдағы 1941ж. 21 қыркүйектегі күн тұтылуын бақылауға дайындалды. Сол уақыттағы институт директоры Н.Д. Моисеев А.А. Михайлованы экспедиция басшысы етіп тағайындады. 22 маусымда соғыс басталды, дегенмен экспедиция Алматыға эвакуацияланды. Б.А. Воронцов-Вельяминов 3 маусымда ауруханадан жазылып шығып, бірденнен халық ұжымына жазылды, бірақ көз ауруы болғандықтан медициналық комиссиядан өте алмай, Алматыға экспедицияға қатысты.
Қаладан 10 км қашықтықта балалар санаториясынан орын берілді, алыс емес жерден құрал-жабдықтарды орналастырылды. Дайындық уақытысында В.Г. Фесенков бәрімен қатар жұмыс істеді. Ол бақылау орнында палатка орнатып, темір төсекте жатып жүрді. Тұтылуды аспан ашық кезде бақылады, көп ғылыми материалдар алынды. В.Г. Фесенков Сафир-Бойе камерасымен күн коронасын керемет суреттерге түсірді және хромосфера спектрінің суреттерін алды.
Бақылау жұмыстары біткеннен кейін В.Г. Фесенков Қазаннан өз жанұясын алып келді. В.Г. Фесенков көп ғалымдарға көмек берді, өзінің басынан қайғы өтті, оның бір баласы соғыста қаза болды, екінші баласы аурып қайтыс болды.
1941 жылдың аяғында В.Г. Фесенков КСРО ҒА Қазақ филиалының төрағасы Қ.И. Сатпаев пен Н.Н. Парийский көмегімен алғаш Қазақстанда Астрономия және Физика Институтын ұйымдастырды.
В.Г. Фесенков институт штатына жергілікті аспиранттар мен лаборанттарды алды. Н.Н. Парийскийді өзінің орынбасары етіп, Б.А. Воронцов-Вельяминовты шаруашылық бөлімшесінің директор орынбасары етіп, кейіннен астрофизикалық сектор басшысы етіп тағайындады. В.Г. Фесенков Алматыда 1924 жылдан бастап шығатын «Астрономиялық журнал» басылымын жалғастырды. Б.А. Воронцов-Вельяминовты журнал өмірінің басындағыдай редколлегия хатшысы етіп сайлады. АФИ жұмысында ғылыми отырыстардың мағынасы көп болды, онда қызметкерлер өз жұмыстарының нәтижесін хабарлады, шет елдер журналын қолданып, астрономиялық жаңалықтарға тоқталды. Бұл жиналыстар сұраныста болды, кейде отырыстағы жаңалықтар жергілікті газеттерде жарияланды. Ташкенттен А.А. Михайлов пен М.Н. Гневышев (соңғысы АФИ-да кандидаттық диссертациясын қорғаған), Қызылордадан Харьков астрономы Н.П. Барабашов келген.
Отырыстардың бірінде Н.Н. Парийский Джинс космогоникалық гипотезасының дұрыс еместігін көрсеткен есептемелерін баяндады. В.Г. Фесенковтың жылдам айналатын «жас» Күннің айналыс күшімен туған планеталардың жаңа космогониялық ротациондық гипотеза жайлы баяндады. 50 жылдары ол осы гипотезаны О.Ю. Шмидтің метеориттік гипотезасына қарсы шығарды. Қызығы, ол Шмидтің гипотезасын соғыс жылдарында өзі де қолданған.
Әдетте Фесенков қызметкерлердің жеке идеяларын жетілдірумен айналысқанды қолдамайды. Оған қарамастан, ол Б.А. Воронцов-Вельяминовтың 1943 ж. басындағы Грузияда ашқан жаңа жарық каметасын суретке түсіріп алғанын бағалады. Қолынан ағаштан параллактикалық штатив жасап, оған қатты жарықты камерасын орнатты, каметаны суретке түсіріп, оның құйрығының суретін алды. Бұл жұмысты В.Г. Фесенков кезекті жиналыста мақтап, атап өтті.
1942-1944 жж. АФИ Алматының таулы аймақтарына көп экспедициялар жүргізілді. Экспедициялар әр жазда ұйымдастырылды. Жұмыс бағдарламасына күндізгі және түнгі аспан жарықтығын бақылау, атмосфера мөлдірлігін, аспероклиматтық зерттеулер және әскери органдардың сұранысымен жүргізілген жұмыстар – тұман мен бұлттағы заттар көрінісін бағалау, құпиялы оптикалық сигнализацияны жетілдіру және т.б. кірді, экспедиция кезінде әдетте палаткаларда тұрды, құрал-жабдықтарды ат арқылы тасылмандады. Сол жылдары Алматыда қиын кездер болып еді – тауарлар жиі болмады, сондықтан ең ыңғайлысы тұрақты экспедиция кезінде егілген бау-бақша болды. Фесенковтың Мәскеуге сапарларының бірінде, АФИ-ң директор болғанда, Б.А. Воронцов-Вельяминов Камен платосында қыштан 3 бөлмелі үй салуды ұйымдастырды, кейіннен ол көп жылдар бойы АФИ-ң таулы станциясындағы алғашқы зертханасы болды (соңынан онда жаңа үлгіде астрофизикалық обсерватория құрылды).
В.Г. Фесенковтың артта қалған көпжақты қайнаған ғылыми және ұйымдастырушылық қызметінің көп бөлігі, амалсыз таңдандырады. Аштық кезеңде Мәскеудің жалаңаш жерінде ол Кучинский астрофизикалық обсерваториясын ашады, эвакуация кезінде сасқалақтамай қызметкерлері жеткіліксіз ғылыми институтын ұйымдастырып, ол қазақ халқының астрономиясына берік бастау салады. Осындай таусылмас қуатты адамды ғалымдар астрономдардың арасында кезіктірген емес. В.Г. Фесенковтың ғылыми жұмыстары мен өмір жолы екінші тарауда толығымен көрсетіліп кеткен.